Са широком применом флуорокинолона, резистенција бактерија и нежељене реакције такође су се јављале једна за другом.Нови флуорохинолони као што је темафлоксацин су обустављени само 15 недеља након што су пуштени у промет у Великој Британији 1992. године због нежељених реакција као што су алергија, крварење и бубрежна инсуфицијенција.Дакле, није да што је већа растворљивост масти и дужи полуживот, то боље, а фармакокинетику и клиничке предности и недостатке треба свеобухватно размотрити.